分子生物学鉴定方法
菌种来源:
作者:
发布时间:2025-09-19
DNA提取:
1. 从纯化的培养物筛取孢子,挑出有活力的孢子,用灭菌的蒸馏水洗净;
2. 将3-20个孢子用移液器转移到1.5 mL的灭菌离心管底部,使水尽量少,将装有孢子的离心管置于冰上;
3. 将水浴锅开到94℃,将Taq聚合酶配套的buffer解冻后置于冰上;
4. 用枪头将孢子捣碎,使其内容物释放出来。该过程也要在体视镜下进行,以便能看到孢子和确保内容物(包含DNA)释放出来。因为孢子周围液体很少,因此不会有太多滑动。
5. 将枪头在离心管底部的壁上边刮边拿出来,使得孢子不会被带出来;
6. 一旦孢子破碎,立即向离心管中加入10 ul冰的Taq聚合酶buffer,立即放入94℃水浴4min使得DNA酶失活;
7. 水浴4 min之后,立即将离心管置于冰上,这个时候DNA可被用于PCR扩增或者保存于-20℃。
参考:https://invam.ku.edu/dna-extraction(里面有一些图片)
PCR扩增与克隆测序:
引物使用:
引物集 |
引物名称 |
序列 |
SSUmAf |
SSUmAf1 |
TGGGTAATCTTTTGAAACTTYA |
SSUmAf2 |
TGGGTAATCTTRTGAAACTTCA |
SSUmCf |
SSUmCf1 |
TCGCTCTTCAACGAGGAATC |
SSUmCf2 |
TATTGTTCTTCAACGAGGAATC |
SSUmCf3 |
TATTGCTCTTNAACGAGGAATC |
LSUmAr |
LSUmAr1 |
GCTCACACTCAAATCTATCAAA |
LSUmAr2 |
GCTCTAACTCAATTCTATCGAT |
LSUmAr3 |
TGCTCTTACTCAAATCTATCAAA |
LSUmAr4 |
GCTCTTACTCAAACCTATCGA |
LSUmBr |
LSUmBr1 |
DAACACTCGCATATATGTTAGA |
LSUmBr2 |
AACACTCGCACACATGTTAGA |
LSUmBr3 |
AACACTCGCATACATGTTAGA |
LSUmBr4 |
AAACACTCGCACATATGTTAGA |
LSUmBr5 |
AACACTCGCATATATGCTAGA |
第一次PCR |
SSUmAf/LSUmAr |
1800bp |
第二次PCR |
SSUmCf/LSUmBr |
1500bp |
测序结果通过Blast比对。
PCR条件参考文献: