分子生物学鉴定方法
      
        菌种来源: 
        作者:
        发布时间:2025-09-19
      
    
    
    
DNA提取:
1. 从纯化的培养物筛取孢子,挑出有活力的孢子,用灭菌的蒸馏水洗净;
2. 将3-20个孢子用移液器转移到1.5 mL的灭菌离心管底部,使水尽量少,将装有孢子的离心管置于冰上;
3. 将水浴锅开到94℃,将Taq聚合酶配套的buffer解冻后置于冰上;
4. 用枪头将孢子捣碎,使其内容物释放出来。该过程也要在体视镜下进行,以便能看到孢子和确保内容物(包含DNA)释放出来。因为孢子周围液体很少,因此不会有太多滑动。
5. 将枪头在离心管底部的壁上边刮边拿出来,使得孢子不会被带出来;
6. 一旦孢子破碎,立即向离心管中加入10 ul冰的Taq聚合酶buffer,立即放入94℃水浴4min使得DNA酶失活;
7. 水浴4 min之后,立即将离心管置于冰上,这个时候DNA可被用于PCR扩增或者保存于-20℃。
参考:https://invam.ku.edu/dna-extraction(里面有一些图片)
PCR扩增与克隆测序:
引物使用:
 
  
  
 
 
  
   | 引物集 | 引物名称 | 序列 | 
  
   | SSUmAf | SSUmAf1 | TGGGTAATCTTTTGAAACTTYA | 
  
   | SSUmAf2 | TGGGTAATCTTRTGAAACTTCA | 
  
   | SSUmCf | SSUmCf1 | TCGCTCTTCAACGAGGAATC | 
  
   | SSUmCf2 | TATTGTTCTTCAACGAGGAATC | 
  
   | SSUmCf3 | TATTGCTCTTNAACGAGGAATC | 
  
   | LSUmAr | LSUmAr1 | GCTCACACTCAAATCTATCAAA | 
  
   | LSUmAr2 | GCTCTAACTCAATTCTATCGAT | 
  
   | LSUmAr3 | TGCTCTTACTCAAATCTATCAAA | 
  
   | LSUmAr4 | GCTCTTACTCAAACCTATCGA | 
  
   | LSUmBr | LSUmBr1 | DAACACTCGCATATATGTTAGA | 
  
   | LSUmBr2 | AACACTCGCACACATGTTAGA | 
  
   | LSUmBr3 | AACACTCGCATACATGTTAGA | 
  
   | LSUmBr4 | AAACACTCGCACATATGTTAGA | 
  
   | LSUmBr5 | AACACTCGCATATATGCTAGA | 
 
 
  
  
  
 
 
  
   | 第一次PCR | SSUmAf/LSUmAr | 1800bp | 
  
   | 第二次PCR | SSUmCf/LSUmBr | 1500bp | 
 
测序结果通过Blast比对。
PCR条件参考文献: