不同物种条件不同，需要优化，下面以濒危植物夏蜡梅为例。
根据Phillips和Hayman（1970）提出的台盼蓝（曲利苯蓝）的染色方法来测定夏蜡梅菌根侵染率，主要包括透明、漂白、酸化、染色和脱色等步骤。
1、 根样采集
从植物根部选择颜色相对较浅，最细一级的根（多条根相加总长不少于40 cm）放入FAA固定液固定24 h以上备用，或冷冻保存备用。
注：根样的采集应具有代表性，如果是从多个植物根系收集，应分别每株取样后再进行混合取样；如果是单株植物，应分别从不同部位取样后再混合取样，如果取样后直接做实验的话可以不用固定。取根系时为了减少对根外菌丝的破坏，动作尽量轻柔，根系允许带一些泥土。
2、 透明
将根从FAA固定液中取出，蒸馏水浸洗数次后剪成1cm长根段，放入50ml离心管中，加入20%的KOH溶液、拧好盖子放入装有水的烧杯（500 ml或250 ml），将烧杯置于90 ℃水浴锅水浴3 h。
注：其目的在于除去根部皮层细胞中的细胞质，便于以后染色处理时染料的尽快渗透。
3、 清洗
将离心管取出，倒去KOH，用清水轻轻漂洗根样数次，但勿用力搅动，以防根样表面的根外菌丝脱落，当水不再呈黄色时即可。
4、 漂白
向装有清洗好的根的离心管中加入碱性H2O2浸泡，在室温条件下放置1 h（人工种植的根系40min），当根系的颜色由棕色变白即可。
5、 再清洗
轻轻倒去离心管中的碱性H2O2溶液，用清水漂洗几次。
6、 酸化
向装有清洗好的根的离心管中加入2%的HCl，室温酸化4 min。
注：酸化时间过长根会变烂。
7、 染色
轻轻倒出HCl，加入0.05%的台盼蓝乳酚染液，再放回水浴锅90 ℃水浴30 min。
注：回收染色液可重复再利用，但是效果有待进一步确认。
8、 脱色
取出上述已染色的根段，蒸馏水换洗数次后，用乳酚试剂脱色，常温脱色2 h - 3 h直到根样中多余的染料大部分被清除为止。
9、 制片
将根段置于涂有封固剂的载玻片上进行制片，一张载破片上可放2～3条根，盖上洁净的盖玻片，加压使根破碎，并除去其中气泡。记录玻片编号及制片时间。
10、观察
观察制作好的载玻片于200倍生物显微镜下观察菌根侵染情况。
药品配制：
1、 FAA固定液配制（可多配一点）
50% 酒精90 ml、冰醋酸5 ml、37%甲醛5 ml、加入5 ml甘油防止挥发
2、 20% KOH溶液配制（可多配一点）
20 g溶于100ml蒸馏水中
3、 碱性H2O2
2ml 30%的H2O2 + 0.3 ml氨水，加水至55ml
注：随配随用，不能放置过久
4、 2% HCl溶液配制（可多配一点）
10 ml 分析纯盐酸（36%）加入175ml蒸馏水中
5、 乳酚试剂：
苯酚：乳酸：甘油：蒸馏水=1:1:2:1(v/v)
6、 0.05% 台盼蓝乳酚染液
0.5 g台盼蓝加入1000 ml乳酚试剂中
7、 浮载剂（PVLG）
聚乙烯醇1.66 g + 甘油1 ml + 乳酸10 ml + 蒸馏水10 ml
注：聚乙烯醇很难溶解，可以将溶液置于90 ℃水浴锅水浴溶解。
酸性酒精：5%醋酸 90%酒精 5%双氧水（脱色可选择用酸性酒精）