生态学学科为我校首批建设的重点学科，曾被确定为“十一五”和“十二五”浙江省重点学科，2016年和2022年再次遴选为浙江省一流学科（B类），在学校的学科建设中一直处于龙头地位。在艾瑞森校友会排行榜上，我校生态学被列为中国高水平学科，排全国第17位，在浙江省的排名仅次于浙江大学，在2022年软科世界一流学科排名中列中国232位，世界1384位，首次进入国内前500强，为台州学院唯一一个上榜学科。2023年成为进入ESI全球排名前1%学科。

目前学科有科研人员93人，教授18人（2级教授5人）、副教授22人、博士86人；队伍中入选“全球前2%顶尖科学家年度科学影响力排行榜”2人、中国高被引学者”榜单2人、国家“万人计划”科技创新领军人才1人、科技部“创新人才推进计划”中青年科技创新领军人才1人、教育部新世纪优秀人才4人、享受国务院特殊津贴专家1人、浙江省“万人计划”科技创新领军人才2人、省杰青1人、省“151”跨世纪人才6人次（第一层次1人）、省级海外引才专家1人，是一支职称年龄结构合理、学位层次高、充满活力的生态科研创新队伍。

多年来学科一直坚持基础研究与应用研究并重，凝炼形成了植物生态学、微生物生态学、生态系统生态学、次生代谢生态学和修复生态学五大具有鲜明特色的研究方向。近5年学科共承担国家级项目35项（其中国家自然基金重大项目1项、国家自然科学基金区域联合重点项目1项、国家科技部-国家重点研发计划“政府间国际科技创新合作”重点专项项目１项）、省部级项目28项（浙江省“尖兵”“领雁”研发攻关计划项目3项、省基金重点项目各1项；承担横向项目166项，合同经费达3111.65万元，其中，百万以上的合作项目3项（含“揭榜挂帅”项目1项）。共有32项成果转化（或转让），合同经费达1957.3万元；学科成员在Nature Communication、Ecology等国内外知名期刊上发表论文341篇，含SCI收录论文303篇，TOP期刊57篇；出版学术专著8部；授权专利34项，制定行业团体标准1项；获各类国家、省、市级科研成果奖项20余项。